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Diamond是分子和晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件。它集成了多種功能,克服了晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的工作 - 在研究和教育以及出版物和演示中。
Diamond不只像大多數(shù)競爭項(xiàng)目那樣繪制分子和晶體結(jié)構(gòu)的精美圖片。它提供了一組廣泛的函數(shù),讓您可以根據(jù)一組基本結(jié)構(gòu)參數(shù)(單元、空間群、原子位置)輕松的對晶體結(jié)構(gòu)的任意部分進(jìn)行建模。憑借其高數(shù)據(jù)容量、從分子生成到構(gòu)建相當(dāng)復(fù)雜的無機(jī)結(jié)構(gòu)框架的廣泛功能,Diamond是分析和固態(tài)化學(xué)家以及表面和材料科學(xué)家的綜合工具。
Diamond功能:
下面概述了Diamond 4的新功能
自動和批量結(jié)構(gòu)圖片創(chuàng)建:
查看新的“自動圖片創(chuàng)建器”??看案?,自動將建筑選項(xiàng)、圖片設(shè)計(jì)和查看方向的更改直接應(yīng)用于結(jié)構(gòu)圖片,以及作為一種樣式設(shè)計(jì)方案可讓您輕松轉(zhuǎn)換結(jié)構(gòu)圖片以進(jìn)行演示或發(fā)布的工作表。
自動圖片創(chuàng)建器
“自動圖片創(chuàng)建器”??看翱诎赖慕ㄖ桨傅娜窟x項(xiàng),以及您從“圖片創(chuàng)建助手”中了解的圖片設(shè)計(jì)和查看方向的設(shè)置。啟用后,結(jié)構(gòu)圖片會自動反映您在“自動圖片創(chuàng)建器”窗口中所做的全部更改—這意味著某種“自動應(yīng)用”建筑方案。例如,當(dāng)您更改xmin...zmax邊界時(shí),單元格范圍(或包裝圖)會自動增加/減少(并且其他分子會出現(xiàn)或消失)。
自動圖片創(chuàng)建器分為三類:“圖片建筑”(可以選擇建筑方案或Diamond建議的建筑)、“圖片設(shè)計(jì)”(可以選擇設(shè)計(jì)方案)和“圖片查看”(其中您選擇投影和觀看方向)。
注意:如果您更喜歡手動構(gòu)建結(jié)構(gòu)圖片—Auto Picture Creator是可選的并且可以關(guān)閉—您也可以訪問您從Diamond 3及更早版本中了解的(手動)構(gòu)建功能。
設(shè)計(jì)方案的定義和應(yīng)用
一個(gè)共同的需求是對不同目的的結(jié)構(gòu)圖片使用不同的設(shè)計(jì),例如深色背景的屏幕演示、白色背景的彩色打印輸出或出版物的黑白草圖。出于這些目的,您可以從一組預(yù)定義的設(shè)計(jì)方案中進(jìn)行選擇,或者從當(dāng)前設(shè)置中定義一個(gè)新方案以供以后應(yīng)用。(您可以將其與文字處理器中的“樣式表”進(jìn)行比較。)因此您無需一次又一次的更改結(jié)構(gòu)圖片中的原子和鍵顏色等。
增強(qiáng)的自動結(jié)構(gòu)圖片創(chuàng)建
默認(rèn)情況下,Diamond會自動為新的(導(dǎo)入的)結(jié)構(gòu)創(chuàng)建結(jié)構(gòu)圖片。相對于Diamond 3中已有的自動創(chuàng)建功能得到了增強(qiáng),并以更好的方式考慮了結(jié)構(gòu)的化學(xué)性質(zhì)和單個(gè)原子環(huán)境(分子結(jié)構(gòu)與典型的無機(jī)結(jié)構(gòu))。您可以關(guān)閉此自動圖片創(chuàng)建或使用單獨(dú)定制的建筑方案—或使用“自動圖例創(chuàng)建器”。
改進(jìn)的構(gòu)建方案
構(gòu)建方案(在Diamond 3中稱為“自動構(gòu)建”)已得到增強(qiáng),以反映支持非鍵接觸和氫鍵定義的新功能以及新的包裝和分子簇創(chuàng)建功能。(“圖片創(chuàng)建助手”的相應(yīng)頁也反映了這些擴(kuò)展。)現(xiàn)在也可以以“立即應(yīng)用”的方式運(yùn)行構(gòu)建方案(稍作更改并從頭開始重新創(chuàng)建圖片),因此您可以更好的體驗(yàn)?zāi)慕Y(jié)構(gòu)。
提高生產(chǎn)力:
了解Diamond 4中的新工作模式,在探索晶體或分析結(jié)構(gòu)期間更直觀的旋轉(zhuǎn)、移動或縮放的“抓取模式”,原子周圍原子和分子的“相鄰預(yù)覽”(鍵、分析)在鼠標(biāo)光標(biāo)下,有幾個(gè)選項(xiàng)可以使用鼠標(biāo)滾輪來改變屬性(放大系數(shù)、放大/縮小、改變原子半徑)或改變周圍環(huán)境(展開分子簇等)(“鼠標(biāo)滾輪”)。
具有直觀旋轉(zhuǎn)、移動和縮放的新模式
有一種新的(除了現(xiàn)在所說的“選擇模式”之外)工作模式,即“抓取模式”,通過鼠標(biāo)左鍵抓取原子,向右移動結(jié)構(gòu),您可以旋轉(zhuǎn)或移動結(jié)構(gòu)圖片按下鼠標(biāo)按鈕,或使用鼠標(biāo)滾輪更改放大系數(shù)。這樣做,您仍然可以選擇對象。(單擊對象時(shí)按住Ctrl或Shift鍵)。因此,您無需在正常選擇模式和不同跟蹤模式之一之間切換,例如“沿x/y軸移動/旋轉(zhuǎn)“等。
相鄰預(yù)覽
您可以使用鼠標(biāo)滾輪按鈕鼠標(biāo)下原子附近的原子和鍵(分析、多面體等)的(半透明)預(yù)覽。使用鼠標(biāo)滾輪增加或減少預(yù)覽搜索范圍。再次單擊滾輪按鈕以將預(yù)覽帶入圖片。
使用鼠標(biāo)滾輪單獨(dú)編輯屬性或周圍環(huán)境
除了上面提到的相鄰預(yù)覽之外,還有幾個(gè)功能可以通過鼠標(biāo)滾輪按鈕啟動并通過鼠標(biāo)滾輪更改設(shè)置:
-更改放大系數(shù)
-放大/縮小或改變透視印象
-改變原子半徑或厚鍵管的半徑
-查找與相鄰原子或分子的聯(lián)系
-從一個(gè)或一些分子擴(kuò)展到更大的相鄰分子簇
改進(jìn)的鍵合球評估(連接性)
鍵長表和平均原子間距離表以及有效半徑表已得到改進(jìn),以便為導(dǎo)入的結(jié)構(gòu)獲得更高的預(yù)定義鍵合群。除此之外,您可以使用原子位點(diǎn)環(huán)境研究的結(jié)果作為鍵合球的基礎(chǔ)。
將原子環(huán)境單獨(dú)定義到原子位點(diǎn)
您可以單獨(dú)定義每個(gè)位點(diǎn)的原子環(huán)境,因?yàn)殒I合球體的方法可能過于不準(zhǔn)確,并且沒有考慮某個(gè)原子組的不同位點(diǎn)。原子位點(diǎn)環(huán)境可以從它們的Voronoi多面體的計(jì)算中得出。在很多利用(協(xié)調(diào))球體或搜索鍵的結(jié)構(gòu)圖片構(gòu)建命令中,“原子環(huán)境”可作為附加選項(xiàng)使用。
更快的結(jié)構(gòu)圖片繪制和抗鋸齒
結(jié)構(gòu)圖片繪制已經(jīng)通過調(diào)整頂點(diǎn)的數(shù)量來加速,以根據(jù)個(gè)人情況構(gòu)建一個(gè)大或小的原子碗等。在您的結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)等期間,頂點(diǎn)分辨率可以另外(并且可選的)被切換。另一方面,抗鋸齒可用于減少鋸齒線條狀。
改進(jìn)的對象選擇
擁有包含大量原子和鍵以及其他對象(如標(biāo)簽、原子向量等)的結(jié)構(gòu)圖片。通過在結(jié)構(gòu)圖片中單擊某個(gè)對象來捕捉某個(gè)對象可能會成為一項(xiàng)艱巨的任務(wù)?,F(xiàn)在,Diamond提供了一個(gè)選擇過濾器,例如可以單擊鍵下的向量。除了正常的選擇模式,Diamond還提供加法和減法選擇。因此,當(dāng)[取消]選擇結(jié)構(gòu)圖片中的很多對象時(shí),您無需按鈕Ctrl或Shift鍵。
分子和聚合物的擴(kuò)展功能:
概述創(chuàng)建堆積圖 (細(xì)胞范圍、球體、平板或分子切片)的幾個(gè)選項(xiàng),關(guān)于非鍵接觸點(diǎn)的支持和H 鍵的改進(jìn)處理。并且還有一些新功能可以應(yīng)用于大分子或有機(jī)和無機(jī)聚合物(分子簇的擴(kuò)展,聚合物骨架的生長或切割,泵送無機(jī)框架)。
新的多面體功能:
每個(gè)原子位點(diǎn) 的“原子環(huán)境”都作為新的可選標(biāo)準(zhǔn)來定義配位多面體的原子(或配位球)。構(gòu)建具有相當(dāng)復(fù)雜幾何形狀的多面體將有多種功能,例如從原子或鍵構(gòu)造,在同一位置的原子之間單擊、復(fù)制和粘貼多面體來組合或分裂多面體面。
搜索結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù):
閱讀有關(guān)訪問晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫COD(“晶體學(xué)開放數(shù)據(jù)庫”),包括(其中包括)AMCSD以及來自IUCr期刊的CIF文件。
改進(jìn)的用戶界面:
查看允許更好地集成和關(guān)聯(lián)不同視圖(結(jié)構(gòu)圖片、表格、粉末圖案等)的新的或改進(jìn)的用戶界面元素。
更好地集成文檔的不同視圖
在 Diamond 3 中,您有不同的視圖類型:結(jié)構(gòu)圖片編輯、結(jié)構(gòu)圖片縮略圖調(diào)查、粉末圖案、距離和角度表以及結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)集表。在 Diamond 4 中,您現(xiàn)在可以在編輯結(jié)構(gòu)圖片時(shí)與結(jié)構(gòu)表和其他圖片的縮略圖并排查看數(shù)據(jù)表或距離表或粉末圖案。
更多新功能:
動畫POV-Ray圖片或POV-Ray圖片中的視頻序列,支持無序部分,改進(jìn)混合站點(diǎn)表示,將3D場景導(dǎo)出為OBJ和STL格式。(用戶定義的對稱性和對稱元素的可視化、 鍵合價(jià)以及使用德拜公式計(jì)算粉末圖案,在 4.7 或更高版本中進(jìn)行小更新。)
系統(tǒng)要求:
Windows XP、Vista、Windows 7、8/8.1或10或11
具有“x86”指令集的Intel或AMD(或兼容)處理器
1 GB RAM(或更多)
3.8 GB 可用磁盤空間(安裝過程中為6GB,用于解壓Crystallography Open Database))
DVD 驅(qū)動器(用于從 DVD 安裝)
圖形分辨率:1024 x 768像素,具有32,768色(“高彩”)或更高(推薦1280×800像素或更高)
與微軟兼容的鼠標(biāo)