SnapGene是一款強大的多功能的分子生物學(xué)工具，能夠非常直觀的注釋分析和DNA圖譜，用于創(chuàng)建和共享豐富的注釋文件，幫助我們準(zhǔn)備清晰的分析生物學(xué)繪制相關(guān)圖形。SnapGene提供了計劃，可視化和記錄DNA克隆和PCR的極快和簡單的方法。您可以輕松注釋功能并設(shè)計引物。該軟件體積小巧，但是功能十分強大，包含了序列編輯、標(biāo)記、內(nèi)切酶分析、蛋白產(chǎn)物分子量預(yù)等實用功能，可以滿足不同生物學(xué)研究人員對相應(yīng)序列進(jìn)行分析的操作。SnapGene V5已發(fā)布！
版本5.0的更改
新功能
添加了用于DNA和蛋白質(zhì)序列的成對比對的工具
提供了對自定義背景窗口顏色的支持
添加了以小寫形式顯示要素翻譯的功能
將比對限制在參考DNA序列的指定鏈或區(qū)域中
添加了直接從Ensembl導(dǎo)入序列的功能
啟用了一個或多個翻譯特征的密碼子頻率的計算和保存
啟用的功能可見性可按功能類型切換
添加了在導(dǎo)入序列跡線以進(jìn)行重疊群裝配或多序列比對時修剪低質(zhì)量末端的選項
使對齊的cDNA可用于用外顯子和內(nèi)含子注釋特征
添加了對打開DNASIS文件的支持
增強的BLAST支持可提供所有五個選項（blastn，blastx，tblastx，blastp和tblatn）
查看參考序列的比對時，更新了“比對序列”菜單，并添加了以下新命令：· 在窗口中復(fù)制所選序列·刪除所有序列·顯示/隱藏序列跡線的質(zhì)量數(shù)據(jù)
使多重DNA比對的選定部分可以轉(zhuǎn)換為多重蛋白質(zhì)比對
添加了一個控件，用于將集合中的選定文件導(dǎo)出為PDF或制表符分隔格式的列表。
添加了一個：“選擇DNA序列...”按鈕來模擬瓊脂糖凝膠對話，作為配置多個通道的捷徑
可以將氨基酸序列復(fù)制為1或3個字母的氨基酸代碼
啟用復(fù)制成對或多個對齊窗口中跨越多行的選區(qū)的功能
添加了新英格蘭生物實驗室“Tridye?超低范圍DNA階梯”
增強功能
計算具有間隙的特征的段的總長度，該信息現(xiàn)在顯示在“特征”視圖，特征對話框和特征工具提示中
通過使用圖標(biāo)減少了收集界面中“代碼編號”列的寬度
添加了通過推出“編輯要素”對話框時調(diào)整其閱讀框來保留要素翻譯的選項
在“首選項”中添加了一個選項，以在道爾頓的蛋白質(zhì)文件中顯示選擇的MW
如果在組裝重疊群時未包含某些輸入序列，則添加了一條通知
添加了用于從列表導(dǎo)入引物的鍵盤快捷方式
放寬了禁止在引物名稱中使用<和>字符的限制
改進(jìn)了T7啟動子功能的檢測
改進(jìn)了從NCBI的導(dǎo)入范圍，以允許左端點和右端點交換的區(qū)域，并識別“c”表示反向互補
增加了對新遺傳密碼的支持
改進(jìn)了與參考DNA序列比對的算法
改進(jìn)了從geneXplain生成的BED和GTF文件中導(dǎo)入特征的功能
在用戶界面中提供了對齊程序（例如MUSCLE）的版本號
通過包括在DNA線以下延伸的線，提高了選擇及其端點在地圖中的可見性
增強了“編輯MW標(biāo)記列表”對話框，以支持按供應(yīng)商顯示MW標(biāo)記，并允許從供應(yīng)商處一步選擇所有的MW標(biāo)記
在“功能”視圖中，具有許多功能的序列極大的改善了滾動性能
在“酶和引物”菜單中添加了命令，以拉出“首選項”中的相應(yīng)選項卡
蛋白質(zhì)窗口中的“增強的屬性”視圖列出了平均分子量和但同位素分子量
使對齊對話框變?yōu)闊o模式，以允許切換到其他SnapGene窗口
通過從選擇的每一端向下延伸藍(lán)線，提高了多對齊窗口中共識選擇的可見性
進(jìn)行了廣泛的優(yōu)化，以加快應(yīng)用程序的總體啟動和使用速度
從Webkit切換到QTextEdit以進(jìn)行富文本控件
改進(jìn)了對功能限定符和“描述面板”字段中鏈接的支持
增加了“TA和GC克隆”對話框，以允許通過單擊按鈕來解決簡單問題
改進(jìn)了用于切換與參考這序列對齊的序列的可見性的控件
改進(jìn)了用于在顯示對齊序列跡線為雙鏈DNA或色譜圖之間切換的控件
添加了一條警告，當(dāng)計算多序列比對時，只有Clustal Omega才能保留內(nèi)部終止密碼
使用“保存到主集合”時，如有必要，可以指定一個主集合
瀏覽集合時，在“視圖”菜單中添加了“列表視圖”和“文件夾視圖”命令
將“設(shè)計綜合構(gòu)造”和“訂單構(gòu)造”命令移至“工具”菜單
合并了所有文件類型（DNA，蛋白質(zhì)，比對）的默認(rèn)字體大小設(shè)置，并增加了對比對默認(rèn)字體大小的支持
鼠標(biāo)懸停在序列跡線中的一個峰上時，改進(jìn)了使用Opt/Alt查看所有四個堿基高度的可發(fā)現(xiàn)性
在“工具”菜單中添加了“管理密碼使用表”命令，因為以前只能從“密碼使用表”對話框中訪問此選項
確保即使在為顯示完整說明的情況下，“功能”視圖中也可以看到豐富的格式（粗體，斜體，下劃線，上標(biāo)和下標(biāo)）
在“DNA計算”窗口中添加了“GC含量”值
啟用了將凝膠圖像，地圖和歷史記錄導(dǎo)出macOS上的EMF矢量格式，以導(dǎo)入到Microsoft Offe產(chǎn)品中的功能
在“功能”菜單中添加了“顯示/隱藏所有功能”命令
在“入門”菜單中添加了“顯示/隱藏所有入門”命令
確保從NCBI導(dǎo)入時，將LOCUS字段用作默認(rèn)文件名
增強了邏輯，以便在SnapGene在線數(shù)據(jù)庫導(dǎo)入時，即使不是按字母順序列出的第一個匹配項，也會自動選擇與查詢的完美配項
添加了使用Cmd/Alt+單擊在多重比對窗口中的共識和比對序列之間轉(zhuǎn)移選擇的功能
為“翻轉(zhuǎn)序列”和“設(shè)置原點”命令添加了鍵盤快捷鍵
增強了蛋白質(zhì)搜索的靈活性，可以在適當(dāng)?shù)那闆r下從查詢中剝離終端停止密碼子
改進(jìn)了對復(fù)制地圖，歷史記錄和瓊脂糖凝膠以及以矢量格式粘貼到macOS上的Microsoft Office的支持
添加了對具有以下功能類型的以下限定符的支持。外顯子和內(nèi)含子：/tran_spicing; misc_recomb：/recombination_class; rep_origin：功能;來源：/metagenome_source;tRNA：operon。
改進(jìn)了功能限定符/recombination_class，/regulatory_class，/db_xref，/gap_type和/ncRNA_class可用的選項。
添加了“設(shè)置翻譯編號”的快捷方式
改進(jìn)了線性圖中酶的布局
從NCBI導(dǎo)入并打開GenBank和EMBL文件時，改進(jìn)了ORF和非功能翻譯的遺傳密碼選擇
配置了用于參考DNA序列比對的工具，以便翻轉(zhuǎn)參考序列或重置數(shù)字原點將保留比對而不是重新計算它們
使用MilliporeSigma的DNA分子量標(biāo)記IV和VII時，提高了條帶的可見性
添加了新英格蘭生物實驗室BsaI-HF?V2酶的供應(yīng)商信息
添加了Thermo Fisher（Invitrogen）Anza?酶的供應(yīng)商信息
進(jìn)行了各種文本，顏色和其他視覺增強
修復(fù)
防止復(fù)制的凝膠圖像粘貼到Microsoft Office時被剪切
修復(fù)了解碼一些RTF編碼的內(nèi)容（引物列表等）的問題
改進(jìn)的T7啟動子和其他非翻譯特征的檢測
確保末端磷酸鹽永遠(yuǎn)不會出現(xiàn)在蛋白質(zhì)序列的末尾
通過按Escape鍵可以關(guān)閉“許可協(xié)議”對話框
修復(fù)了導(dǎo)入文件后消失的“另存為”對話框，然后在頂部工具欄的“保存”按鈕菜單中選擇“保存”的問題
在打印或保存EULA時省略了背景色
在查看蛋白質(zhì)序列窗口時，刪除了各種不相關(guān)的禁用菜單命令
防止在按下Opt時工具欄頂部菜單中的“保存”命令更改為“全部保存”
更正了從BED和Genome Compiler文件導(dǎo)入的反向特征的轉(zhuǎn)換
添加了一個要求，即TA和GC克隆對話框中的插入序列<50kb
校正了各種標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒，使其在圖譜標(biāo)簽中不包含“（線性化）”
糾正了各種TOPO?載體的終點修飾
確保在功能限定符和“描述面板”字段中正確顯示上標(biāo)和下標(biāo)
允許刪除多個序列比對中的缺口
刪除多個序列比對中的缺口后，通過撤銷提高了穩(wěn)定性
當(dāng)光標(biāo)置于對齊窗口中時，啟用“編輯—刪除”
修復(fù)了在使用“全選”和“選擇范圍”命令后，菜單更新以反映多序列比對中的選擇的各種問題
當(dāng)在路線中僅選擇間隙字符時，提供了“編輯——刪除間隙字符”命令
當(dāng)沒有內(nèi)容顯示時，確保保持分裂箭頭的正確位置
設(shè)置數(shù)字原點時，確保保持分裂箭頭的正確位置
改進(jìn)了“選擇范圍”對話框中空間的行為
提高了引物結(jié)合位點計算的準(zhǔn)確性，以確保長環(huán)不會不適用于多個雜交拉伸
改進(jìn)了對基于IP的許可證的支持，尤其是在網(wǎng)絡(luò)連接發(fā)生更改或速度緩慢或暫時不可用時
查找操作期間增強的穩(wěn)定性
避免了在選擇替代密碼子對話框中選擇的遺傳密碼不兼容的密碼子使用表的問題
確?！熬庉嬅艽a子使用情況表”始終顯示正確的遺傳密碼
修復(fù)了在未選擇氨基酸的情況下使用ORF上下文菜單中的“復(fù)制ORF翻譯”的問題
切換到全屏模式時，防止隱藏頂部的工具欄
確保正確顯示間隙下游對齊的區(qū)域
如果單擊的窗口為激活，請確保右鍵單擊不會顯示上下文菜單
糾正了回歸，其中在“功能”和“入門”視圖中的“查找”控件下拉菜單中未列出最近的搜索
修復(fù)了切換完整描述后在“功能”視圖中出現(xiàn)柔和選擇的問題
打開某些CLC Bio文件時增強的穩(wěn)定性
改進(jìn)了在“功能”視圖中循環(huán)搜索結(jié)果時突出顯示的匹配項
使用“酶”，“功能”和“引物”視圖時，改進(jìn)了“編輯”菜單中的“查找”選項
在歷史視圖中使用“查找原型”時啟用輸入/返回和移位輸入/返回
改進(jìn)了“新的DNA/蛋白質(zhì)文件”對話框中粘貼的包含不尋常字符的豐富內(nèi)容的轉(zhuǎn)換
確保僅在“圖譜”和“序列”視圖中啟用“酶”菜單中的“顯示/隱藏酶”命令
在緊湊模式在顯示序列時，刪除了有關(guān)“序列”視圖中ORF的不必要警告
當(dāng)未選擇集合中的任何項目時，防止“編輯”—“查找”下列出空白命令
糾正了打開MSF文件的問題
可見集合時使用“全部保存”時提高了穩(wěn)定性
當(dāng)在結(jié)合中既看不到DNA蛋白質(zhì)文件也不顯示蛋白質(zhì)文件時，可以在“編輯”—“查找”下防止空白菜單操作
確保與參與者序列突出顯示的不匹配始終以正確的顏色顯示
改進(jìn)了MSF文件的打開
防止了在嘗試刪除包含跨越數(shù)字原點的轉(zhuǎn)換特征的限制片段可能發(fā)證的掛起
已解決從Ensembl導(dǎo)入后最初在新創(chuàng)建的集合中顯示空文件列表的問題
使用文件—將全部保存為集合中的許多編輯文件時，提高了穩(wěn)定性
修復(fù)了以下問題：在保存文件之前未在列表中選中比對序列時，先前計算的與參考DNA序列比對的信息可能會丟失
在查看多重對齊時放置光標(biāo)時，禁用“編輯—刪除”
避免了將原始比對恢復(fù)到參考DNA序列時有時可能發(fā)生的問題
解決了取消將序列與參考DNA序列重新比對的問題
改進(jìn)了替換集合中的功能名稱時的行為。
